C'est la fin du 26ᵉ siècle. La Terre se remet d'une explosion catastrophique qui a exterminé la majorité de la population il y a des siècles et rendu la majeure partie de la surface inhabitable en raison de conditions météorologiques surnaturelles. Les humains survivants se sont organisés selon quatre idéologies radicalement différentes, appelées Voies, pour reconstruire le monde comme bon leur semble : Harmonie, Dominance, Progrès et Salut. Les adeptes des quatre Voies vivent dans une paix fragile, mais dans un isolement presque complet les uns à côté des autres. Leur seul point de rencontre est la dernière grande ville sur Terre, désormais connue sous le nom de Capitale.

En alimentant les mystérieuses failles temporelles qui se sont ouvertes à la suite du cataclysme, chaque Voie est capable de remonter à des moments spécifiques de son passé. Cela peut considérablement accélérer leur progression, mais trop d'ingérence peut mettre en danger le continuum espace-temps. Le progrès est plus important que jamais : si l'on en croit le mystérieux message arrivant par la Faille temporelle, un cataclysme encore plus terrible se profile à l'horizon : un astéroïde portant la substance mystérieuse appelée Neutronium se dirige vers la Terre. Plus étrange encore, les scientifiques montrent que la signature énergétique de l'astéroïde correspond à l'explosion d'il y a des siècles...

Anachrony propose un système unique de placement d'ouvriers à deux niveaux. Pour se rendre dans la Capitale ou s'aventurer dans les zones dévastées à la recherche de ressources, les joueurs ont besoin non seulement de divers spécialistes (ingénieurs, scientifiques, administrateurs et génies), mais également d'Exosquelettes pour les protéger et les améliorer - et les deux sont rares.